La Nef travaille avec une liste de 17 associations partenaires engagées dans des domaines tels que l'agriculture paysanne, la défense des droits humains, la protection de l'environnement, l'économie sociale et solidaire, etc.
Parmi ces organisations figurent Accueil Paysan, Alternatiba, Amnesty International, Forêts en Vie, Terre de Liens, Nature & Progrès, Réseau Cocagne, Entrepreneurs du Monde, Colibris, Bio Consom'acteurs, Zerowaste France, Association négaWatt, Sortir du nucléaire, Oxfam, Les Licoornes, Cigales et Habitat et Humanisme.
Le parrain et son filleul ont la possibilité de choisir parmi cette liste l'organisation à laquelle le don sera versé. Voir la question “Comment choisir ou modifier l’organisation partenaire coopinage".